تتبع البرامج الأكاديمية النموذج الأمريكي للتعليم العالي وتستخدم اللغة الإنجليزية كوسيلة للتعليم باستثناء برنامج الماجستير في الإدارة، والماجستير في برامج الإدارة التربوية باللغة العربية. ينقسم العام الدراسي إلى فصلين دراسيين مدة كل منهما ستة عشر أسبوعا من التدريس وفصل صيفي مدته ستة أسابيع من التدريس.

يُمنح الطالب إما دبلوما أو درجة بكالوريوس ، ولكن ليس كليهما ، وفقًا للاختيار الذي اتخذه الطالب/ اتخذته الطالبة عندما التحق / التحقت بجامعة ظفار. إذا قرر الطالب الملتزم بالبكالوريوس ، لسبب وجيه ، التنازل عن رغبته في إتمام برنامج البكالوريوس في منتصف الفصل الدراسي والحصول على دبلوم بدلاً من ذلك ، فسيُطلب منه الانسحاب من جميع المقررات قيد الدراسة. بعد ذلك يُمنح الطالب درجة الدبلوم بشرط استكمال متطلبات برنامج الدبلوم وموافقة اللجنة الإدارية بالكلية ونائب رئيس الجامعة للشؤون الأكاديمية.

توجد بالجامعة أربع كليات:

• كلية الآداب والعلوم التطبيقية
• كلية التجارة وإدارة الأعمال
• كلية الهندسة
• كلية الحقوق

تقدم الجداول التالية فكرة عن البرامج الأكاديمية المتوافرة في كل كلية.